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La saison 3 reprend là où la saison 2 s`est terminée. Après avoir empêché les Wraith d`atteindre la Terre et subi un nouvel échec avec le rétrovirus des Wraith, l`expédition doit faire face pour cette troisième année dans la galaxie Pégase à la menace des Wraith et à un nouvel ennemi puissant qui cherche à détruire l`expédition et Altantis: les Asurans. Les choses se compliquent quand une expérience qui a mal tourné, épuise leur seul E2PZ, leur laissant sans source d`énergie pour alimenter les boucliers protecteurs de la cité. Peu après, ils trouvent un vaisseau Ancien perdu, puis perdent la cité d`Atlantis lorsque l`équipage du vaisseau Ancien veut en récupérer le contrôle. Le SGC envoie le Général O`Neill et Richard Woolsey pour tenter de négocier un accord entre la Terre et les Anciens pour permettre à l`expédition de retourner à Atlantis. O`Neill et Woolsey appellent la Terre et leur informent que les Asurans (des nanorobots autorépliquants) sont en train de s`emparer de la cité. Ils détruisent l`équipe des Anciens, qui voulait récupérer le contrôle de la cité après 10.000 ans. Les principaux membres de l`expédition Atlantis sur Terre désobéissent aux ordres et regagnent la cité, la libèrent et détruisent tous les Asurans. Dans le dernier épisode de la saison, la Terre lance une première attaque contre les Asurans, qui construisent une armada pour attaquer Atlantis ou la Terre. Les Asurans lancent une contre-offensive en attaquant Atlantis à l`aide d`un rayon puissant, tiré par un satellite renfermant une porte des étoiles. En dernier recours, l`équipe d`Atlantis met le feu au bouclier protecteur de la cité et s`échappe dans l`espace...
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